1944. március 19.-én a németek megszállták az országot, a számukra kellemetlen, vagy éppen veszélyes embereket összefogták. Emiatt sokan már akkor, vagy később, az évé vége felé illegalitásba kényszerültek.
Az 1943-as Magyar Élet konferenciát még a Konventi Elnökség is kifogásolta, mint ami nem tartozik a Szövetség "profiljába", de 1944 nyarán még folyamatosan lehetett konferenciázni. Az a tény, hogy az SDG a Magyar Református Egyház hivatalos diákmissziói munkája, védettséget, oltalmat jelentett továbbra is. Mivel Szárszón minden héten /ritkábban kéthetenként/ új konferenciát rendeztek, amire az ország minden részéből jöttek fiatalok, velük idősebb vezetők és előadók, így igen jó alkalom adódott a két nyári hónapon az üldözöttek bújtatására. Személy szerint Soos Géza és Balla Péter voltak azok, akik ebben az életmentő szolgálatban is elől jártak. Soos Géza, mint külügyminisztériumi tisztviselő, Balla Péter mint az egész országban ismert missziói munkás, óriási ismeretségi körrel rendelkeztek, s védenceiket vagy a Telepen, vagy a közeli házakban helyezték el a nyári hónapokra. A nyár végén Soos Géza arra adott megbízást e sorok írójának, hogyha Veres Pétert, aki akkor munkaszolgálatos volt, sikerülne megszöktetni, a Telepen biztosítsanak neki helyet, hogy a következő nehéz időket átvészelhesse.
Soos Géza és Balla Péter körül alakult ki egy csendes, a munkájukat támogató háttér, amelyben jelentős szerepet játszott Bognár István, a Szövetség ügyvezető alelnöke, dr. kiss Sándor és Vatai László főiskolás lelkészek. Az év végén szinte mindnyájan illegalitásba vonultak, a Szövetség más tagjaival együtt.
1944 nyarán tehát a szárszói konferenciázók még alig érezték meg a hamarosan bekövetkező nagy változást, legfeljebb a Balaton felett gyülekező bombázó repülők bizonyították, hogy egyre közeledik a front. A főiskolások konferenciája a teológusokéval bővült. A két konferencia ugyanabban az időpontban folyt, de külön programmal. A vallástanárok konferenciája is kibővült, mert pedagógusokat is hívtak erre az alkalomra. Külön volt diák- és nemdiák Testvériség Konferencia leányoknak és fiúknak. Egybekerült a zsoltár- és bibliai hét. A sajtó és iratterjesztési konferencia jórészt a Kabay Kört jelentette, de közülük egyre többeket hívtak be katonának; így már a megszokott, s általuk rendezett Végzettek Konferenciájára sem kerül sor.
1944. decemberében a front már elérte a Balaton vonalát. A szárszói Telep azért vészelhette át viszonylag épen a háborús változást, mert a Szövetség főtitkára, Szabó Dániel, Szárszóra költözött, s néki sikerült a Telep felszerelését a háborús széthordás elől megmenteni.
