A háború minden életet, tervet, munkát szétzüllesztő ereje a Szövetség életét egy időre teljesen leállította. Megcsendesedése után csak lassan és rendkívüli erőfeszítéssel lehetett újból bizonyos területeken megindulni.
A Szövetség elnöke, Soos Géza, az ellenállási mozgalom megbízásából nyugatra távozott, s csak tizenhárom hónap után tudott hazajönni, hogy aztán pár hónap múlva végleg elhagyja az országot. Legközvetlenebb munkatársa, Bognár István, a Múzeum-kert körüli harcokban egy eltévedt, - vagy talán éppen őreá célzott - golyótól eltalálva, meghalt. Lakása ablakán nézett ki, hogy felmérje a helyzetet, hol vannak a németek s hol az oroszok? Szabó Dániel főtitkár már hónapokkal előbb Szárszóra költözött le, hogy a Telep értékeit lehetőség szerint megvédje: Így a legnehezebb időkben a Szövetség vezetés nélkül maradt. Az iskolákban leállt a tanítás, megszűnt a kollégiumi munka is. Az egyetemistákat különféle katonai alakulatokba kényszerítették, vagy leventeként nyugatra "menekítették". A Központban pár bibliaóra még megmaradt, egyre fogyó létszámmal. Karácsonykor még tartottak a külföldiek számára (lengyelek, franciák) is karácsonyestet állandó ágyúdörgés kíséretében.
A Kálvin-tér január közepén került az oroszok kezére. Ezután pár hétig még az utcai közlekedés is azzal a veszéllyel járt, hogy a férfiakat valahol egy kapualjba - a hiányzó létszám pótlására - begyűjtik, s viszik valahová lágerbe.
A mégis megmaradt keveseknek első feladata az volt, hogy felmérjék és rendbehozzák a károkat, a törmeléket elhordják, takarítsanak, beragasszák az ablakokat olajos papírral, hogy valahogy fűteni lehessen. Az Üllői-úti Főiskolás Fiúinternátus a belövésektől annyira megrongálódott, hogy helyrehozatalára nem lehetett gondolni, fel kellett adni. A Múzeum-körúti - eddig középiskolás - internátus is kapott lövéseket, de helyrehozható volt. Kisebb kihagyás után főiskolás fiúinternátusként működött tovább. Viszonylag épen vészelte át a háborús hónapokat a Vas-utcai leányinternátus, lakói is részben ottmaradtak.
A romeltakarítással párhuzamosan az SDG-sek szerte az országban bekapcsolódtak az ellátatlanok, elsősorban a gyermekek élelemmel való ellátásába , ami akadályok sorozatának napról-napra való leküzdésével járt. A Kálvin-tér körül gyülekezők a IX. kerületben felállott Nemzeti Segély szervezetében képviselték az SDG-t. Kuliafay Albert erről így emlékezik:
"Vatai László ajánlására bekerültem - az ő helyére a XI. kerületi Nemzeti Segély szervezetbe. Feleségemmel együtt részesei voltunk az indulás kínlódásainak, de valamelyeset beleszólást is kaptunk. Legfontosabb teendő a gyermekek ellátása volt: a legelső időben csak erre adtak engedélyt és utalták ki a hozzávalót, illetve mi szedtük össze kiskocsival a Csarnokból a kofáktól. Elintéztük a menza újraindulását is, magam mentem a kapott engedéllyel az illetékes hivatalba; a hivatalok elolvasta az írást, aláírta, lepecsételte, visszaadta: "tessék a konyhát megnyitni." Soha ilyen gyorsan még nem engedélyezték konyha működését."
A szövetség anyagi szempontból is súlyos helyzetbe került, hiszen a megszokott s viszonylag rendszeresen érkező tagdíjak, megajánlások is leálltak; nem kis gondot jelentett az alkalmazottak fizetésének előteremtése. A nehézségeket csak a Kultuszminisztérium alkalmi segélyeivel lehetett áthidalni, később az infláció ezeket is értéktelenné silányította. Megtörtént, hogy a kiutalt segély kézhezvételekor már csak két-három villamosjegy árát érte.
A szárszói Konferenciai Telep Szabó Dániel főtitkár jelenlétének köszönhetően károk és veszteségek nélkül megmaradt. A Balatonnak ezen a részén nem voltak harcok.
Szilice újból a trianoni határok mögé szorult.
A megmaradt intézmények közül a menzavolt az első, amelyik életre kelt. Alig egy hóneppal a front elhaladta után már főzött. Rövidebb ideig mint a Nemzeti Segély gyermekkonyhája, majd ismét régi hivatása szerint, egyetemistáknak, főiskolásoknak. Pár hónappal később már száznegyven fő kapott itt reggelit, ebédet, vacsorát.
Az, hogy a Központ, a Menza és a Kálvin tér 8-ban lakó "ifjúsági munkások" lakásai, helyiségei kirablás nélkül átvészelték a helyzetet, nem kis részben annak volt köszönhető, hogy Soos Géza még az ország elhagyása előtt megszerezte ezekre a helyiségekre a svéd követség oltalomlevelét, feltételezhetően magától Wallenbergtől. mind a Menza, mind a szárszói Konferenciai Telep élelmiszer ellátásába igen jelentős volt az a segély, amit a Don Suisse, a Dán Vöröskereszt, majd az Ökumenikus Segélyszolgálat nyújtott élelmiszer alapanyagokban, de ruhában is a Szövetség munkásai és az internátusok főiskolásai részére.
1945-ben a Virágvasárnapi konferencián még csak 25-30 résztvevő volt, egy év múlva viszont már közel ezren, majdnem békebeli számban gyűltek össze budapestiek és a vidékiek közül azok, akik pesti rokonaiknál helyet kaphattak a konferencia idejére. Ez a szám egyben azt is jelzi, hogy egy év alatt a kollégiumok is újraindultak, az egyetemi munkában is sikerült a kiesettek helyét pótolni.
Mivel a Virágvasárnapi Konferencia ebben az évben inkább középiskolás jellegű volt, - délelőtt az ugyanakkor csendesnapot tartó iskolák református tanulói részére kötelező, délután önkéntes jelleggel - így a főiskolások Pünkösd ünnepén külön konferenciát tartottak 150-200-as létszámmal. Előadásaik: Magyarságunk jövője; A vallás reneszánsza; Új ég, új föld; A jövendő egyháza.
Vatai László a főiskolások lelkésze a Kultuszminisztériumba került osztálytanácsosi beosztásban, majd egyetemi előadó lett. Később, mint kisgazdapárti képviselőt, barátjával szegedi Kiss Sándorral, a párt szétbomlasztása idején vád alá helyezték, el is ítélték, barátai úgy menekítették át az országhatáron.
Vatai László utódja Orgoványi György lett. Az ő szolgálata idején jelentős evangelizációs munka indult meg az egyetemisták között. A háború után a lelki érdeklődés annyira felerősödött, hogy százával kellett visszamondani a jelentkezéseket a nyári szárszói konferenciákról. A Telep férőhelyeit bővíteni kellett. Veres Péter segítségével kaptunk egy katonai fabarakkot és az Ökumenétől egy agy - 50 személyes - és több kisebb sátrat. Így sikerült az ekkori konferenciákon 150-200 fiatalt elhelyezni.
Az az ébredési hullám egyben nagy vitát is keltett a szeniorok és az ifjúság között. Az előbbiek ragaszkodtak az induláskor kialakult elgondoláshoz, a négyes programhoz, az új generáció viszont azt vallotta, hogy a Szövetség feladata egyedül az evangelizáció legyen. A kétféle felfogás néha nagy vitában robbant ki, de az egyre sűrűbben jelentkező egyéb nehézségek a vita fölé nőttek.
1946. május 15-én, Áldozócsütörtökön a Szövetség a szövetség még megünnepelte fennállásának 25. évfordulóját a KIS székházban. Sebestyén Jenő, Morvay István és Barcza Gedegon szolgáltak szerepelt a Szövetség énekkara Balla Péter vezényletével, Kálmán Lajos orgonajátékával.
Az ébredéssel kapcsolatban jelentkező nagy tömegek láttán felvetődött az a gondolat, hogy a szilicei üdülő pótlására nem lehetne-e az országban sokhelyütt megüresedett kastélyok közül valamelyikben újabb konferenciák rendezésére alkalmas otthont teremteni. A golopi Vay-kastély megtekintésre is került, de további lépések megtételére már nem kerülhetett sor.
Az az elképzelés, amely a fóti Magyar Testvériség konferenciáival indult, a RIM elképzeléseiben folytatódott, a háború után természetszerűen azt hozta magával, hogy a KIE, az SDG és a Református Leányegyesület munkája mind szorosabban kapcsolódott össze. Segítette ezt még az a tény is, hogy "Tűzoszlop" éven közös újságot adtak ki, az ifjúsági munkához beosztott missziói lelkészek pedig közös imaórákon egyeztették terveiket, munkájukat.
1946-ban az egyre agresszívebben fellépő baloldali pártok támadást indítottak az un. Magyar Közösség ellen. A Szövetség vezetői közül is többen vád alá kerültek. Soos Gézának ezért kellett az országot újra elhagynia, mert a detektívek már a lakásán keresték. A november 2-án tartott közgyűlésre már külföldről küldte el összefoglaló jelentését, amelyben elnöki tisztségéről is lemond. Összefoglalta az utolsó három év eseményeit, leírta külföldi küldetésének főbb részleteit, s lezárta a Szövetség életének egy jelentős korszakát.
Ettől kezdve évenként új elnök került az élre. Barcza Gedeon, aki mindig nehéz helyzetekben került vezető beosztásba, Orgoványi György új elgondolásokkal, majd ismét Barcza Gedeon és végül Hegyaljai György.
1946-ban a Közgyűlés még elfogadta a változások miatt átdolgozott Alapszabályt. Az 1948. évi diktatórikus jellegű változások után azonban már látni lehetett, hogy az egyház sem jelent védelmet a meszüntetéssel szemben. Először ugyan megindult egy jelentős kezdeményezés: egyházi kereteken belül - Makkay Sándor irányításával a Missziói Munkaközösség -, s ez egybeépítette az összes református munkaágat, de hamarosan kiderült, hogy a misszió a diktetúrában megengedhetetlen.
A szárszói Konferencia Telepet Alapítvány formájában próbálta a Szövetség átmenteni. El is készültek a részletes tervek, de az események felgyorsulása semmivé tette az erőfeszítéseket.
A Szövetség önkéntes megszűnését egyházi vonalon Kiss József konventi főtanácsos "javasolta", de támogatásul Hegyaljai Györgyöt és Naszádi Zsófiát behívatták az Andrássy-út 60-ba, meggyőző beszélgetést folytattak velük. Így végül 1949 végén, utolsó Közgyűlésén a Szövetség feloszlatta önmagát. Vagyona teljes egészében az egyházra szállt át. A szárszói Telep a Missziói Munkaközösség keretében még 1952 februárjáig működött, ekkor leltározták, állami tulajdonba veték.
A Szövetség történetével 1973-ig senki nem foglalkozott, akkor is csak megemlékezések utaltak -30 év után először - a szárszói Magyar Élet Konferenciára. 1978-ban Debrecenben a Doktorok Kollégiuma egyháztörténeti szakosztálya foglalkozott először a Soli Deo Gloria történetével, s ettől kezdve egyre többen értékelték azt a szolgálatot, amit a Szövetség fennállásának huszonnyolc éve alatt végzett.